Biserica „Sfântul Nicolae” din Aroneanu a fost ctitorită în anul 1594, de către domnitorul Aron, în satul Aroneanu, din apropierea municipiului Iaşi. În urma cercetărilor arheologice, s-a constatat că aceasta a fost construită pe fundaţiile vechii biserici zidite de Alexandru Lăpuşneanu.
Această ipoteză este demonstrată de fundaţia unitară a ctitoriei, care a aparţinut iniţial unui lăcaş cu pridvorul închis. Noua construcţie a avut un pridvorul deschis, cu zidărie numai pe colţurile de vest şi coloane ce sprijineau arcele de susţinere de pe cele trei laturi. Peretele despărţitor dintre naos şi pronaos a fost înlocuit de două coloane, având capiteluri identice cu cele de la exterior, pe care se sprijineau trei arce. Referitor la construirea acestei biserici, cronicarul Grigore Ureche scrie în „Letopiseţul Ţării Moldovei” următoarele: „însă întâi socoti că, după atâtea răutăţi ce făcuse, să se apuce să facă şi vreun lucru bun, ca să nu-i vie cu osândă. Şi s-au apucatu în anii 7102 (1593 sau 1594), de au făcutu mănăstire în ţarina Iaşilor, carea să chiamă Aron vodă, pre numele domnului, unde este hramul svetii Nicolae”.
În anul 1606, domnitorul Ieremia Movilă a închinat această ctitorie mănăstirii Zografu, din Muntele Athos. Pe baza mărturiei doamnei Stanca, văduva lui Aron Vodă, domnitorul Radu Mihnea a anulat documentul de danie la 7 aprilie 1618, restituind mănăstirea călugărilor români. Ulterior, Aroneanu a devenit metoh al Patriarhiei de la Constantinopol, veniturile sale urmând să susţină activitatea vestitei Şcoli Patriarhale.
Iniţial, mănăstirea a fost înconjurată cu ziduri de piatră şi avea turnuri de colţ, chilii şi alte clădiri anexe, care s-au prăbuşit. Vechiul lăcaş de cult a fost reparat neglijent în mai multe rânduri, în secolele XVIII-XIX, în una dintre aceste ocazii fiind astupate spaţiile libere dintre coloanele şi pilaştrii care susţineau pridvorul deschis. În plus, proasta administrare a mănăstirii şi lăcomia călugărilor greci au dus la ruinarea complexului monahal.
Biserica fostei mănăstiri Aroneanu prezintă interes din perspectivă artistică, atât prin proporţiile sale armonioase, cât şi prin originalul decor exterior – unice în istoria artei medievale româneşti. Ea a fost construită din piatră şi cărămidă, în stil moldovenesc, fiind întâlnite şi elemente aparţinând altor stiluri. Decorul realizat în relief (astăzi dispărut) este considerat ca fiind o posibilă sursă de inspiraţie pentru broderia în piatră de pe faţada Bisericii Trei Ierarhi.
În decembrie 1863, după secularizarea averilor mănăstireşti, Mănăstirea Aroneanu s-a desfiinţat, iar călugării greci au plecat, luând cu ei cărţi şi odoare sfinte. În timp, distrugerea ei a continuat. A fost restaurată în 1907, prin grija Comisiunii Monumentelor Istorice. Atunci au fost înlocuite majoritatea pieselor ceramice care decorau faţada.
În anul 1944, în timpul celui de-al doilea Război Mondial, Biserica Aroneanu a ars în urma unui incendiu provocat de apropierea frontului. Au ars şi mobilierul, catapeteasma şi vechile obiecte de cult, dispărând orice urmă din vechea pictură din interior. Edificiul a fost restaurat în anii următori, fiind redeschis apoi în 1949, ca biserică parohială.